iDeCo加入による所得控除のメリットはあります。住宅ローン控除は税額控除、iDeCoは所得控除です。
税金の計算は、下記の順番で行います。
①iDeCoの掛金で課税所得を下げて所得税額が計算。
②その後に、住宅ローン控除により税額を差し引く。

ただし、状況によっては、住宅ローン控除のメリットを最大限に受けられない場合もあります。詳細に関しては税務署などでご相談ください。