両方から控除は受けられます。ただし、下記の点にはご注意ください。
ふるさと納税で控除できる金額は課税所得（収入のうち税金がかかる部分）によって決まりますが、iDeCoの掛金はその課税所得を減らす効果があります。つまりiDeCoの掛金で課税所得が減ることによってふるさと納税で控除できる金額が減ってしまう可能性があるということです。

具体的な控除額については、税理士の方などにご相談ください。